环境保护是人类面临的重大课题。用DNA重组制备的基因探针可以充当环境监测的尖兵，例如，它可监测饮用水中病毒和细菌的含量，灵敏度和精确度极高。它还可实行基因跟踪，在鉴定带菌者和预告流行病发生方面发挥作用，为疾病预防提供科学依据。DNA重组技术也可用于环境污染的清除，如把不同假单孢杆菌的4种不同质粒（小环状DNA）重组成一个超级质粒，导入一种细菌使该种菌成为超级菌，这种超级菌能在原油中迅速繁殖，并在浮游过程中快速降解烃类物质，除去污染水面和地面的石油。
基因工程技术对农业发展具有举足轻重的作用。众所周知，农作物育种有两个难题长期未能解决，一是要培育一个新品种需要很长时间（用有性杂交法通常需4—8年），二是无法逾越物种之间的屏障。DNA重组技术能够打破物种间的屏障，使不同作物品种实现杂交，并可在短期内培育出新品种。已发现一种叫苏云金杆菌所分泌的毒素蛋白能杀死植物毛虫，这种毒蛋白基因已得到，并且通过基因工程技术将该基因导入植物使成为转基因植物，由于该转基因植物叶片表达毒蛋白，使害虫咬食叶子后中毒而死，效果很好。我国近期亦通过类似方法培育成功含毒蛋白基因的转基因棉花，能有效地毒杀棉蛉虫，大田试验效果极佳。有一种叫aroA的基因，其突变产物能对抗除草剂，若将突变的aroA基因导入作物中使其成为转基因作物，则可成为抗除草剂作物，这时如喷洒除草剂只能杀死杂草而不损伤作物。农作物的丰产与肥料关系很大。氮、磷、钾是主要的肥料，其中以氮肥的需求为最大。豆科植物根部有共生的根瘤菌，而根瘤菌含有固氮基因nif，可将空气中的氮固定在菌体内，转换为氮肥，这类植物无需施氮肥即可生长。但是大多数植物没有根瘤菌，需人工施氮肥。基因工程师们据此正在寻找类似的共生系统，以使小麦、水稻和其他农作物也长根瘤菌，其方法有二：一是将nif基因转移至合适的菌株、酵母或藻类中，它们与作物共生期间可因固氮基因nif的作用而源源不断供给氮肥，这一设想已有成功先例。二是直接将固氮基因导入作物植株中，希望在无需上述共生系统的条件下作物本身就能共生固氮。粮食作物果实的营养价值的主要指标之一是蛋白质的氨基酸组成，许多作物不含有人体必需氨基酸，要改变这种情况，应从改造种子贮藏蛋白质基因入手，使这些蛋白质基因产生的蛋白质具有合理的氨基酸组成。另外，更为简捷的办法是针对某种作物缺乏某些必需氨基酸成份，人工设计和合成能表达含这些氨基酸的蛋白质的基因，将其转移至作物种子中。根据以上的思路，科学家们已经在玉米、土豆、菜豆及其他一些作物上进行了探索，取得了初步的结果。
世界上沙漠、干旱、高温、低温和盐碱地区占很大面积，在这类地区作物生长很困难。事实上，基因专家发现在这些恶劣环境下尚可生长的植物中存在抗逆基因，如抗旱基因、抗盐碱基因、抗冷基因和耐高温基因等等，并对其中某些基因进行了克隆、分析和抗逆试验，如果这一问题得到解决，则高寒和干旱盐碱地区的人们照样可长年种植粮食、蔬菜、水果。
DNA重组技术工业上也展示了美好的应用前景。通过DNA操纵可以得到不同类型的基因工程菌，其中有些工程菌可把低品位矿石或废矿石、废矿渣中的金属富集起来，有的还可对富集的金属进行化学转化。已经采用这种技术从贫矿和废矿石中提取了铀、铜、金属硫化物和镍等。乙醇是一种极重要的工业原料，工业上是通过葡萄糖发酵来制造的，但通常转化率很低（10％左右），基因工程师正在研究和制备这样的工程菌：它既可成倍地提高由葡萄糖转化为乙醇的效率，同时又可将纤维素转化为葡萄糖，为高效高产量的乙醇生产提供一条切实可行的途径。
在我们衣食住行医等日常生活中，已经和将要接触到越来越多的基因工程产品，以食为例，众多的转基因粮食、水果、蔬菜、禽畜和水产已不知不觉地上了人们的餐桌。因此说，DNA重组技术是对世界的变革并不过分。该技术除了继续在上述各方面发挥作用外，在今后可预见的时期内，将会呈现何种发展趋势呢？概括起来说，主要有4种走向：（1）基因工程技术的发展必然产生第二代基因工程——蛋白质工程。基因工程几乎可以随心所欲地改造DNA，这意味着它可改造生命、创造生命。但是表现生命现象的具体体现者是蛋白质（DNA或基因是操纵者）。蛋白质的构造与其功能活性关系甚大，蛋白质工程就是通过工程手段来研究、改造和确定构造与功能的关系。知道了这种关系，又可有目的地用基因工程技术制备特定蛋白质用于特定目的。有了第一、二代基因工程技术，人们有可能根据不同的需要设计和创造出世界上原来不存在的新基因、新蛋白质和各式各样用途不同的产品。（2）基因工程与其他生物技术的相互渗透和配合是生物高技术发展的基本要求。基因工程作为一项高技术，在创造和生产产品过程中单靠本身一种技术是不够的，必须与酶工程、细胞工程、发酵工程、微生物工程、化学工程以及计算机技术等配合协作才有大作为。（3）DNA重组技术将参与现代生命科学重大前沿课题的攻坚战，这些重大课题是：人脑工作原理、发育机理和后基因组计划，特别是“遗传语言”的破译等。这些重大课题的任何突破必将引起信息科学、生命科学等自然科学的革命，也将给社会带来新的观念和变革。（4）DNA重组技术与其他生物技术的结合和应用必定超越陆地，走向海洋，超越地球，走向宇宙空间。海洋是一个广阔的水晶世界，生活着千千万万脊椎动物、无脊椎动物和微生物。海洋蕴含着人类所需要的一切物质，只是目前尚未充分利用。基因工程针对海洋生物可开发出巨大的海洋产业。宇宙空间特殊物理环境条件可使生物反应有异于在地球发生的反应，并且具有某些优良的性能。利用此性质可以在太空生产基因工程产品，这种生产具有周期短、产品纯度高和成本低等特点，相信不久的将来由“太空工厂”生产的药品、食品和其他工业品将会造福于人类。
DNA重组技术的创立是人类智慧的骄傲，它像一个“魔盒”，人类想要什么从中就能得到，在相当程度上圆了“心想事成”的梦。但是必须看到，DNA重组技术带给人类的除了财富和利益外，也带来了一系列科学的、伦理道德的、社会的和法律的问题，对于后者，科学家和社会各界人士应予足够重视。限于篇幅，这里就不展开讨论了。
